根据《企业所得税暂行条例》及其实施细则，《中华人民共和国税收征收管理法》及《国家税务总局关于印发《企业所得税汇算清缴管理办法》的通知》（国税发[2005]200号）等法律的规定，内资企业所得税的汇算清缴应按以下程序进行：
1、
汇算清缴期限
内资企业缴纳所得税，按年计算，分月或者分季预缴。
纳税人应当在月份或者季度终了后十五日内，向其所在地主管税务机关报送会计报表和预缴所得税申报表；年度终了后五个月内，向其所在地主管税务机关报送会计决算报表和所得税申报表，结清应补缴的税款。预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关予以及时办理退税，或者抵缴下一年度应缴纳的税款。
应注意的是：
（1）实行按月或按季预缴所得税的纳税人，其纳税年度最后一个预缴期的税款应于年度终了后15日内申报和预缴，不得推延至汇算清缴时一并缴纳。
（2）若纳税人已按规定预缴税款，因特殊原因不能在规定期限办理年度企业所得税申报的，则应在申报期限内提出书面延期申请，经主管税务机关核准后，在核准的期限内办理。
（3）若纳税人因不可抗力而不能按期办理纳税申报的，可以延期办理；但是，应当在不可抗力情形消除后立即向主管税务机关报告。主管税务机关经查明事实后，予以核准。
（4）纳税人在年度中间发生解散、破产、撤销情形的，应在清算前报告主管税务机关，办理当期企业所得税汇算清缴；纳税人有其他情形依法终止纳税义务的，应当在停止生产、经营之日起60日内，向主管税务机关办理当期所得税汇算清缴。
（5）纳税人在纳税年度中间发生合并、分立的，依据税收法规的规定合并、分立后其纳税人地位发生变化的，应在办理变更税务登记之前办理企业所得税申报，及时进行汇算清缴，并结清税款；其纳税人的地位不变的，纳税年度可以连续计算。
2、
汇算清缴程序
（1）
填写纳税申报表并附送相关材料
纳税人（包括汇总、合并纳税企业及成员企业）办理企业所得税年度纳税申报时，应如实填写和报送下列资料：
A.企业所得税年度纳税申报表及其附表；
B.企业会计报表（资产负债表、利润表、现金流量表及相关附表）、会计报表附注和财务情况说明书；
（事业单位为各类收支与结余情况、资产与负债情况、人员与工资情况及财政部门规定的年度会计决算应上报的其他内容）
C.备案事项的相关资料；
D.主管税务机关要求报送的其它资料。
纳税人采用电子方式办理纳税申报的，应附报纸质纳税申报资料。
经批准实行汇总或合并申报缴纳企业所得税的总机构或集团母公司（以下简称汇缴企业），应在汇算清缴期限内，向所在地主管税务机关报送汇总各成员企业的《企业所得税年度纳税申报表》、本办法第七条所规定的有关资料及各个成员企业的《企业所得税年度纳税申报表》，统一办理汇缴企业及其成员企业的企业所得税汇算清缴。
汇缴企业应根据汇算清缴的期限要求，对各个成员企业规定向汇缴企业报送本办法第七条所规定的有关资料的期限。成员企业向汇缴企业报送的上述资料，必须经成员企业的主管税务机关审核。
（2）
税务机关受理申请，并审核所报送材料
A.主管税务机关接到纳税人或扣缴义务人报送的纳税申报表或代扣代缴、代收代缴税款报告表后，经审核其名称、电话、地址、银行帐号等基本资料后，若发现应由主管税务机关管理的内容有变化的，将要求纳税人提供变更依据；如变更内容属其他部门管理范围的，则将敦促纳税人到相关部门办理变更手续，并将变更依据复印件移交主管税务机关。
B.主管税务机关对申报内容进行审核，主要审核税目、税率和计税依据填写是否完整、正确，税额计算是否准确，附送资料是否齐全、是否符合逻辑关系、是否进行纳税调整等。审核中如发现纳税人的申报有计算错误或有漏项，将及时通知纳税人进行调整、补充、修改或限期重新申报。纳税人应按税务机关的通知作出相应的修正。
C.主管税务机关经审核确认无误后，确定企业当年度应纳所得税额及应当补缴的企业所得税款，或者对多缴的企业所得税款加以退还或抵顶下年度企业所得税。
（3）
主动纠正申报错误
纳税人于年度终了后45日内办理了年度纳税申报后，如果发现申报出现了错误，根据《企业所得税汇算清缴管理办法》等法律的相关规定：纳税人办理年度所得税申报后，在汇缴期内税务机关检查之前自行检查发现申报不实的，可以填报《企业所得税自查申报表》向税务机关主动申报纠正错误，税务机关据此调整其全年应纳所得税额及应补、应退税额。
（4）
结清税款
纳税人根据主管税务机关确定的全年应纳所得税额及应补、应退税额，年度终了后4个月内清缴税款。纳税人预缴的税款少于全年应缴税款的，在4月底以前将应补缴的税款缴入国库；预缴税款超过全年应缴税款的，办理抵顶或退税手续。
（5）
办理延期缴纳税款申请
根据《中华人民共和国税收征收管理法》及其《实施细则》的相关规定，纳税人因有下列特殊困难：
A.水、火、风、雷、海潮、地震等人力不可抗拒的自然灾害，或者可供纳税的现金、支票以及其他财产等遭遇偷盗、抢劫等意外事故，导致纳税人发生较大损失，正常生产经营活动受到较大影响的。纳税人应提供灾情报告或者公安机关出具的事故证明；
B.因国家调整经济政策的直接影响，或者短期货款拖欠，当期货币资金在扣除应付职工工资、社会保险费后，不足以缴纳税款的。纳税人应提供有关政策调整的依据或提供货款拖欠情况证明和货款拖欠方不能按期付款的证明材料。
从而不能按期缴纳税款的，纳税人应当在缴纳税款期限届满前（一般各地主管税务机关均规定应当在期限届满前15日内提出，具体请参见各地税务局的规定）向主管税务机关提出申请，并报送下列材料：申请延期缴纳税款报告、当期货币资金余额情况及所有银行存款账户的对账单、资产负债表、应付职工工资和社会保险费等税务机关要求提供的支出预算等。经省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局，或者计划单列市国家税务局、地方税务局批准，可以延期缴纳税款，但最长不得超过三个月。
税务机关将在自收到申请延期缴纳税款报告之日起20日内作出批准或者不予批准的决定；若不被批准，从缴纳税款期限届满之日起纳税人将被加收滞纳金。
(6)
汇算清缴范围
实行查账征收和实行核定应税所得率征收企业所得税的纳税人，无论是否在减税、免税期间，也无论盈利或亏损，都应按照条例及其实施细则和本办法的有关规定进行汇算清缴。
实行核定定额征收企业所得税的纳税人，不进行汇算清缴。